Los guaycuras, fueron los primeros habitantes de la península y nombraban a este lugar como Airapí, a la llegada de los españoles se le bautizó como Santa Cruz, por haber arribado un 3 de mayo de 1535.
Fue Sebastián Vizcaíno quien le dio a la ciudad y puerto su nombre actual, entre Junio y noviembre de 1596 viajó por la península de Baja California, estableció un asentamiento en la bahía que nombró bahía de La Paz y exploró el litoral del Golfo de California, finalmente tuvo que abandonar la península debido a la falta de provisiones.